Existem várias teorias sobre o significado da palavra Bauru. A mais aceita por historiadores e linguistas aponta para a língua Tupi-Guarani, traduzindo-se como 'cesta de frutas' ou 'queda de água das araras'. O nome reflete a rica fauna e flora que os pioneiros e povos originários encontraram ao longo das margens do Rio Bauru no século XIX.
Outra vertente indica que o nome provém de 'bauru-y' que significaria rio do bauru (um tipo de planta aquática). A discussão histórica em torno da toponímia ilustra a riqueza cultural e indígena que precede a colonização do sertão paulista, sendo tema recorrente em publicações de arquivos históricos locais.